Şirket-i Hayriye, 1854'ten 1945'e kadar Boğaziçi'nde yolcu ve yük taşımacılığı yapan vapurculuk anonim şirketi.
17 Ocak 1851'de Reşid Paşa'nın desteği ve dönemin padişahı Abdülmecid'in onaylamasıyla kuruldu. Şirketin özelliği Osmanlı'da kurulan ilk anonim ortaklık olmasıydı. Şirketin kuruluş Nizamnamesi Mecelle sahibi, Türk Hukuk ve Edebiyat adamı Ahmet Cevdet Paşa tarafından hazırlandı. Galatalı banker Manolaki Baltazzi İngiltere'den yandan çarklı 6 vapur birden ısmarladı. Vapurların Türkiye'ye gelmesi 1854'ü buldu. İlk zamanlarda Tersane-i Amire vapurlarıyla aralarında rekabet olmaması için yalnız Eminönü ile Boğaz köyleri arasında sefer yapma hakkı verilen şirket, ilk seferini Üsküdar'a yaptı.
Şirketin zaman içinde 77 vapuru oldu. Bunlardan 66 tanesi İngiltere'de, 6 tanesi Fransa'da, 2 tanesi Almanya'da,1 tanesi Hollanda'da, 2 tanesi de İstanbul'da Hasköy'de inşa edildi. Şirketin yolcu vapurlarından başka 3 tane de kömür gemisi oldu. Şirket-i Hayriye'nin ilk kaptanlarının hemen hepsi, çoğu Rum olmak üzere gayrimüslimdi. Şirkette Türk olarak ilk kez Beykozlu Rıza Ömer Kaptan çalıştı.
Şirketin Avrupa yakasında; Salıpazarı, Kabataş, Beşiktaş, Ortaköy, Kuruçeşme, Arnavutköy, Bebek, Rumelihisarı (Kayalar), Boyacıköy, Mirgûn (Emirgan), İstinye, Yeniköy, Tarabya, Kireçburnu, Büyükdere, Sarıyer, Yenimahalle, Rumelikavağı, Altınkum.
Anadolu yakasında da; Haydarpaşa, Salacak, Harem, Üsküdar, Kuzguncuk, Beylerbeyi, Çengelköy, Vaniköy, Kandilli, Küçüksu, Anadoluhisarı, Kanlıca, Çubuklu, Paşabahçe, Beykoz ve Anadolukavağı ile Haliç'te, Sütlüce iskeleleri vardı.
Şirket-i Hayriye, 1911'de Trablusgarp Savaşı, 1912'de Balkan Savaşı ve 1914'ten itibaren de I. Dünya Savaşı yıllarında vapurlarının çoğunu ordunun emrine verdi. I. Dünya Savaşı sona erdiğinde toplam 10 vapurunu kaybeden ve 5 vapuru da kullanılmaz hâle gelen Şirket, iflasın eşiğine geldi. Savaşın sonunda elinde ancak 18 tane vapur kalan Şirket-i Hayriye, ancak devlet yardımıyla ayakta kalabildi.
Cumhuriyet'in ilanından sonra, 1944'te bütün vapurları, Hasköy'deki fabrikası, taşınır ve taşınmaz mal varlıklarıyla satın alınarak devletleştirildi. Vapurları ve mal varlığı Şehir Hatları'na devredildi. 15 Ocak 1945'te çıkarılan 4517 sayılı yasayla, Şirket-i Hayriye, fiilen ortadan kalktı; Türkiye Denizcilik İşletmeleri adını aldı.